Morava v raném novověku
V roce 1535 bylo vydáno Zřízení zemské markrabství moravského a vznikly tak kraje novojičínský, olomoucký, brněnský a hradišťský.
V 16. století byl nejvyšším zemským orgánem moravský zemský sněm, který měl právo povolovat berně, měl samostatnou moc pokud šlo o zemská práva a zemské zákonodárství a střežil moravské svobody. V čele země stál královský zemský hejtman s dalšími úředníky. V zahraničí byla Morava chápána téměř jako samostatná stavovská republika.
Počátkem 17. století z iniciativy Karla st. ze Žerotína se Moravané poprvé a naposledy odtrhli a dočasně se odklonili nikoliv od Koruny, ale od krále (markrabího) Rudolfa II., a vznikla konfederace Moravy Uher a Rakous, v jejímž čele stál uherský král Matyáš II. přijatý v roce 1608 za moravského markrabího. Matyáš tehdy přiznal moravským stavům právo zákonodárné, a to i bez souhlasu panovníka-markrabího, dále právo zemského sněmu vypovídat válku a uzavírat mír a bránit zemské zřízení i zbraní, kdyby je panovník porušoval. Tato iniciativa byla výsledkem rozhořčení nad postupem českých stavů a jejich postojem v minulosti k Moravě. Morava vedená Karlem Starším ze Žerotína a Františkem z Ditrichštejna se nejprve odmítla připojit k českému stavovskému povstání. Spojila se s ním až v roce 1619, kdy v zemi proběhl s pomocí českého stavovského vojska převrat.
Bitvy na Bílé hoře se v roce 1620 zúčastnilo na čtyři tisíce mužů moravského vojska (přesněji řečeno, šlo o žoldnéře z německých zemí najaté za peníze moravských stavů) a vedl je Jindřich z Thurnu mladší a Jindřich Šlik. Šlo o jednu z mála jednotek, která z bitvy neprchla a bojovala až do konce, faktem ovšem je, že její pozice jakýkoliv útěk v podstatě vylučovala.
Pobělohorská doba
V době pobělohorské bylo v roce 1628 vydáno Obnovené zřízení zemské pro Moravu (rok předtím pro Čechy), jež zůstalo, s drobnými úpravami, v platnosti až do r. 1848 a zabezpečovalo Habsburkům dědičné právo na české země. Znamenalo tehdy konec stavovských svobod a na tehdejší dobu značné náboženské tolerance.
V rámci nastupujícího absolutismu Ferdinand II. také zřídil nový úřad – moravský královský tribunál – kterým nahradil dosavadní instituci zemského hejtmana (jakožto jednotlivce). Tribunál, ustanovený v prosinci r. 1636, sídlil zpočátku v Olomouci, ale r. 1642 byl (spolu se zemskými deskami a soudem) přemístěn do Brna, které se tak stalo hlavním městem Moravy. Územně-správní reforma Karla VI. z roku 1714 ustanovila (už stálé) kraje: Brněnský, Jihlavský, Znojemský, Olomoucký, Přerovský a Hradišťský.
V souvislosti s pronikavými reformami Marie Terezie (zřízení tzv. Directoria in publicis et cameralibus) přestalo roce 1749 moravské markrabství (jakož i ostatní země Koruny české) de facto existovat. Ztratilo i to málo pravomocí, které v pobělohorském období vídeňský dvůr zemi byl ochoten ponechat. V roce 1763 sice panovnice nespokojeným stavům částečně ustoupila (ustavením královského moravského zemského gubernia v čele se zemským hejtmanem, který se stal zároveň předsedou zemských sněmů a zemského výboru), ovšem zemským úředníkům byly (na rozdíl od úředníků, dosazovaných z centra do všech nižších a středních úřadů a do značné části úřadů zemských) jejich pravomoci stále oklešťovány. Radikální Josef II. pak zemské úřady proměnil v čistě zeměpanské úřady a zemští (stavovští) úředníci měli pouze čestné funkce.
Roku 1758, za sedmileté války, znovu vpadl na Moravu pruský král Fridrich II., ovšem kvůli potížím se zásobováním, úspěšné obraně Olomouce a prohrané bitvě u Domašova byl nucen se bez úspěchu stáhnout.
Roku 1777 je olomoucké biskupství povýšeno na arcibiskupství, namísto proponovaného biskupství v Opavě pak byl zřízen generální vikariát. V letech 1782–83 Josef II. sloučil státní správu Moravy a Rakouského Slezska v Zemi moravskoslezskou, spravovanou moravskoslezským guberniem se sídlem v Brně, přičemž stavovské instituce obou zemí zůstaly zachovány. I nadále byla Morava rozčleněna na 6 krajů. Josef II. zároveň roku 1783 začlenil území tzv. moravských enkláv ve Slezsku pod Opavský kraj, který byl jedním ze slezských krajů. I nadále však byla tato území spravována dle moravských zákonů.
Císař Leopold II. svým reskriptem v roce 1790 svolal a obnovil zemský sněm Moravského markrabství (čímž vlastně rušil předchozí reformy svého bratra). Sněmu předsedal sněmovní direktor a moravskoslezský gubernátor. Moravskému zemskému sněmu byla navrácena moc zákonodárná a vládní, zatímco moc výkonnou si podržely zeměpanské úřady panovníka.
