V rámci České koruny
Jan Lucemburský, nový král Čech a markrabě Moravy, byl nucen vydat české a moravské šlechtě tzv. inaugurační diplomy neboli volební kapitulace (pro Moravu byl diplom vydán v červnu 1311, půl roku po tom českém), v nichž potvrdil všem knížatům království našeho českého a Moravě jejich požadavky (byť v okleštěné podobě) – mimo jiné že „...nikdy nesvěříme nikomu jinému než Moravanu na Moravě nějaký úřad, spojený s důchody...“; dále, že zemskou berni bude král vybírat jen ve zvláštních případech a že nebude šlechtu nutit k vojenským tažením za hranice země (tj. šlechtici měli pouze povinnost zemské hotovosti). Tyto listiny upevnily politickou samosprávu Moravy ve středověku. S Čechami spojovala Moravu osoba společného panovníka (personální unie), společné občanství šlechty a povinnost společné obrany.
V roce 1348 český král a římský císař Karel IV. učinil konec nejasnému vztahu Moravy k Čechám a v rámci utvoření soustátí zemí Koruny české učinil Moravu lénem českého krále, Morava nadále neměla být zcizována z moci českých králů. Karel též zreformoval moravské soudnictví a do Brna a Olomouce byly převedeny zemské desky (zemský sněm střídavě zasedal v obou městech). Na přelomu 14. a 15. století probíhaly markraběcí války mezi bratry Joštem a Prokopem. V 15. století Moravu nezasáhly příliš významně husitské války, země se však po jejich skončení rozdělila nábožensky stejně jako Čechy.
Jiří z Poděbrad vydal 13. ledna 1464 „na poníženou prosbu baronů, šlechticů a obyvatel tohoto markrabství“ slavnostní listinu, kterou proklamoval nerozlučitelné spojení Čech a Moravy jako dvou rovnoprávných zemí. Markrabství přestalo být chápáno jako české léno a nemělo být už nikdy nikomu postoupeno. V důsledku válek s Matyášem Korvínem a následného chaosu a rozdělené vlády v českých zemích (Morava v letech 1469/71–1490 spadala, spolu se Slezskem a obojí Lužicí, pod vládu Uher) však listina nebyla fakticky naplněna.